Более того, немецкая знать воспользовалась отсутствием Фридриха, чтобы поднять голову. Фридрих отложил запланированное наступление на Сицилийское королевство и вернулся на север, чтобы разобраться с враждующими герцогами. Он объединил Баварию и Саксонию под властью своего младшего кузена Генриха Льва, обеспечив, чтобы два могущественных герцогства перешли под контроль его семьи, но он вознаградил предыдущего герцога Баварского, сделав его первым герцогом Австрии. Фридрих также женился на 12-летней Беатрис, графине Бургундской, тем самым добавив еще один титул к своему, и объявил себя единственным императором римского мира, перестав признавать Мануила I - правителя, с которым у него ранее были хорошие отношения, - законным наследником римской власти в Константинополе.

Фридрих вернулся к незаконченным делам в Италии после того, как папа Адриан заключил мир с королем Сицилии Вильгельмом I. По условиям мирного соглашения Вильгельму была предоставлена территория, которую Фридрих считал своей собственностью. Одновременно Фридрих яростно выступал против идеи папы о том, что Священная Римская империя является вотчиной папства.

В 1158, 1163, 1166 и 1174 годах последовала череда итальянских кампаний. Фридрих неоднократно пытался навязать свою волю папе римскому. Адриан IV умер в 1159 году, и политические махинации папства привели к избранию двух соперничающих понтификов - Александра III и Виктора IV. Оба они искали поддержки у Фридриха, но когда Александр отказался явиться к императору в Павию, Фридрих поддержал Виктора IV. В ответ Александр отлучил Фридриха от церкви и вступил в союз с Вильгельмом Сицилийским. Хотя Фридриху удалось подавить восстания в городах северной Италии и дважды временно вернуть Рим, он все еще не мог добиться каких-либо успехов в борьбе с Сицилийским королевством на юге и сталкивался с постоянным противодействием папы Александра, который находился в безопасности от лап Фридриха за пределами Италии.

Частью проблемы, с которой столкнулся Фридрих, была смертность выбранных им кандидатов на римский епископат. В то время как Александр III пользовался поддержкой Франции, Англии, Сицилии, государств крестоносцев и ряда других королевств, фавориты Фридриха продолжали умирать, и их преемникам приходилось создавать собственную поддержку с нуля. Виктор IV умер в Лукке в 1164 году, а его преемник, антипапа Пасхалий III, который был возведен на престол в соборе Святого Петра в 1167 году в окружении немецкой армии, умер от рака год спустя.

Следующим папой по выбору Фридриха стал Калликст III, хотя его притязания пошатнулись, когда пятая итальянская кампания Фридриха закончилась бесславно. Вторжение замедлилось, когда город Алессандрия выдержал длительную осаду немецких войск. Легенда гласит, что один сообразительный крестьянин накормил корову остатками городского зерна и подарил ее Фридриху. Когда император понял, что корову кормили драгоценными припасами, он решил, что в городе все еще должны быть достаточные запасы продовольствия, и снял осаду. Окончание осады Алессандрии стало неожиданностью, но настоящее потрясение последовало за этим. В битве при Леньяно армия Фридриха потерпела сокрушительное поражение от сил Североитальянской ломбардской лиги. 54-летний император бросился в гущу сражения, но упал на землю.

Хотя Фридриху удалось спастись, его надежда на окончательное подчинение Италии рухнула. Начались мирные переговоры, в ходе которых Фридрих отказался от притязаний и признал Александра III истинным папой. Венецианский мирный договор 1177 года официально примирил их: Фридрих смирился перед Александром и признал суверенитет Александра над Папской областью, а взамен Александр отменил указ об отлучении Фридриха от церкви. Затем последовал мир с Ломбардской лигой, по которому североитальянские города признали имперскую власть, но получили от Фридриха уступки. Когда в Италии снова воцарился мир, стареющий император вернулся в Германию к своим ссорящимся дворянам.

Генрих Лев набирал силу и отказался поддержать последнее вторжение Фридриха в Италию, поэтому Фридрих нашел предлог лишить его земель. После непродолжительного конфликта Генрих был сослан в Англию на три года и, хотя в конце концов ему разрешили вернуться домой, сделал это в качестве сильно ослабевшего герцога Брауншвейгского. К 1188 году императору Священной Римской империи было за шестьдесят, но он все еще был рад сразиться с новым врагом. Обеспокоенный сообщениями о взятии Иерусалима Саладином, Фридрих решил взять крест во второй раз в своей жизни и присоединился к Третьему крестовому походу вместе с Ричардом Львиное Сердце и Филиппом Августом.

В 1190 году, во время прогулки верхом по реке Салеф, Фридрих был сброшен с лошади в ледяную воду. Версии о его кончине разнятся, но считается, что от холода у Фридриха случился сердечный приступ. Затем его доспехи утащили его на дно реки. Смерти Фридриха в Анатолии предшествовала окончательная победа в битве при Иконии, в результате которой был разгромлен Румский султанат и разграблена его столица. Вполне естественно, что Фридрих умер в разгар военной кампании. Его взрослая жизнь была отмечена крестовыми походами, а десятилетия между ними были потрачены на то, чтобы сплотить раздираемую Германию и вести, казалось бы, бесконечные кампании против городов-государств Италии и папы римского.